「2006香港資訊及通訊科技獎 - 電子商務(應用)獎」主要表揚可以成功和有效地在機構內部應用的資訊科技，以提高公司產品或服務的競爭優勢。評審委員會會對參選產品進行嚴謹的評審，並根據以下的評審標準，選出各類別的優勝產品：功能、效率及效能、競爭力、成本效益、對社會的影響和陳述及示範技巧，雖然項目所涉及的範圍可以是全球性或區域性的，但主要的使用者必須是在香港工作。

「2006香港資訊及通訊科技獎 - 電子商務(產品)獎」主要表揚在科技創新方面的傑出成就。評審委員會將對參選產品進行嚴謹的評審，並根據以下的評審標準，選出各類別的優勝產品：功能、創新、市場表現、成本效益、對社會的影響和陳述及示範技巧，包括社會對有關資訊科技的認受和了解。

兩個獎項組別分別設有金、銀、銅獎。評審委員會將於兩個獎項組別當中提名一優勝者競逐最高讚譽之「2006 香港資訊及通訊科技全年大獎」 。